HIV侵人人體, 根據被感染者的健康營養和免疫功能等條件, 使AIDS的症狀出現早晚、輕重、侵犯器官的不同, 很容易誤診且極易與其他常見疾病混淆:
(1)血液病:由於AIDS患者有發熱、肝脾腫大, 個別人白細胞數很低, 分類淋巴細胞少, 需與血液病鑒別, 可用骨髓穿刺、淋巴B細胞檢查與之區別。
(2)傳染性單核細胞增多症:AIDS早期表現很像傳染性單核細胞增多症。
(3)肺部真菌感染:卡氏肺囊蟲肺炎有時亦合併真菌, 如組織胞漿菌感染, 這和免疫功能低下的白血病惡性腫瘤和因免疫抑制藥物合併肺部真菌感染不容易鑒別。
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(4)中樞神經病變:有時AIDS的中樞神經感染和其他原因的中樞神經病變很難鑒別, 應檢查血HIV抗體。