1、肛門燒灼痛或跳痛， 排便或行走時加重， 少數有排尿困難。
2、可伴有發冷、發熱、全身不適等症狀。
3、B超可測及膿腔。
4、血白細胞及中性粒細胞計數增多。
5、肛門周圍有硬結或腫塊， 局部溫度增高、壓痛或有波動。 位於肛提肌以上的膿腫， 直腸指檢可觸及壓痛性腫塊， 直腸內穿刺可抽出膿液。
肛周膿腫如何診斷：
①擠壓法：即採用分葉狀肛門鏡擴張暴露膿腫部位的隱窩， 然後壓迫膿腫， 以觀察膿汁排出之所在， 即可確定內口。
②雙合診：把食指插入肛管， 拇指在皮膚觸摸， 膿腫波動員明顯的皮膚及粘膜最薄區，
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③肛門鏡檢查：可見肛隱窩局部充血， 可有膿性分泌物。
④探針檢查：在肛門窺器下， 用探針鉤隱窩， 較易進入， 且有溢膿者， 即為內口。 也可在術中， 切開引流時探及內口。 操作中要切忌暴力， 以免造成人為的假內口， 致使手術失敗。
⑤亞甲藍溶液染色。
