在某些特殊情形下, 接種某種疫苗可能弊多於利, 或者疫苗會失去效力, 此時就不必勉強注射。
無論接種那一種疫苗, 在以下三種情況下不宜接種:1、發燒或其它需要特殊治療的疾病, 主要是擔心疫苗的不適反應, 可能會影響以後對病情的判斷。 假設一個小孩因感冒發燒到三十八度半, 接種疫苗以後, 晚上若燒到四十度, 就難以判斷這是疫苗反應或是感冒惡化。 2、對於同樣疫苗曾有過嚴重反應, 所謂的嚴重反應, 指的是可能危及生命, 或者會引起永久性後遺症的反應, 例如過敏性休克, 這其中以百日咳疫苗的副作用特別常見。
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減毒活疫苗具有活性, 這類疫苗包括:麻疹、風疹、腮腺炎、口服小兒麻痹疫苗等。 這類疫苗接種後可能會出現自然感染的症狀, 所以應該小心, 下列情況不宜接種:免疫不全或正接受免疫抑制治療(如類固醇藥物)的病患、惡性疾病者、懷孕者、嚴重的營養不良者、接受免疫球蛋白治療三個月內, 接受靜脈注射高劑量免疫球蛋白六個月內不宜注射活性減毒疫苗。
此外, 以下情況不能接種疫苗:1、有癲癇、抽風、腦炎、脊髓灰質炎等神經系統疾病病史的兒童, 不能接種白百破混合製劑、乙腦及流腦疫苗。
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一般的小感冒, 譬如咳嗽、鼻塞、流鼻水或喉頭有痰時, 則不在接種的禁忌內, 因為嬰幼兒此類小感冒是很普遍的, 且都會持續一段時間, 如果因此小感冒而延誤了預防接種, 則不但未獲得預防針的好處, 反而寶寶更易得到感染侵犯。