紫藥水之所以有強烈的殺菌作用， 其秘訣在於所用的原料龍膽紫屬於陽離子鹼性染料， 能與帶陰電荷的病菌相結合， 還能抑制病菌與細胞壁上的肽鍵合成。 這種雙重作用， 可將病菌置於死地。 然而， 近年來英國藥理學家通過對動物的一項毒性試驗得出一個難以置信得結果， 紫藥水是一種潛在的致癌劑。 使用不當會引起許多副作用， 特別對幼兒更具有“毒性”。
紫藥水的毒副作用對嬰幼兒來說， 主要表現為全身反應和局部反應， 全身反應包括煩躁不安、拒乳、易哭鬧、夜寐不寧等， 重者可出現呼吸困難，
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究其原因， 主要是由於外用的紫藥水濃度過高， 對皮膚黏膜的刺激較強;或用量過大， 如塗抹面積過大、塗抹次數過多等， 另可能是個別患者對紫藥水產生過敏反應。 因此， 專家們指出， 使用紫藥水濃度不宜過高， 只限於0.5%--1%,每天上藥1--3次,塗抹在局限的病灶周圍,保持時間應限制在3天之內,曾有過敏反應者不能再用.患兒一旦發生上述所說病毒,應及時停止用藥,並對症處理,一般3-5天症狀即可消失。
