生豆漿中含有胰蛋白酶抑制物、皂甙和維生素A抑制物, 還有豆腥味等。 由於這幾種物質均有其抑制作用, 如:胰蛋白酶抑制物本身就是一種蛋白質, 它能選擇性地與胰蛋白酶結合, 形成穩定的複合物, 從而使胰蛋白酶失去活性, 使蛋白質水解為氨基酸的過程中受到抑制, 妨礙膳食中蛋白質的消化、吸收和利用, 降低豆漿的營養價值;皂甙對消化道黏膜有很強的刺激性,
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此外, 生豆漿中含有豐富的蛋白質、脂肪和糖類, 是微生物生長的理想條件。 因而, 豆漿必須煮熟燒透。 煮豆漿時, 先除淨將上浮的泡沫, 再用文火維持煮沸5分鐘左右, 使有害物質被徹底分解破壞, 並殺死微生物。
父母通過充分的浸泡、磨細、過濾、加熱等處理方式, 能夠充分地利用大豆中的蛋白質, 也能消除胰蛋白酶抑制素的不利影響。 有時候, 將生豆漿加熱到80℃-90℃時, 會出現大量的白色泡沫, 但這實際上是一種“假沸”現象, 此時的溫度還不至於破壞豆漿中的皂甙物質。