先天畸形是指出生前就形成的結構異常。 曾有報導對30例乙肝表面抗原陽性的孕婦所生的新生兒進行細胞遺傳學檢查, 結果先天愚型有2例。 所謂先天愚型是指染色體畸變引起的先天性疾病。 主要表現為智慧發育障礙、體格發育遲緩, 以眼距寬, 眼裂小, 兩眼外側上斜, 鼻樑低, 耳廓小, 舌伸於口外為特徵。 手指短而粗, 小指內彎, 有典型通貫手。 常伴有臍疝、隱睾, 另先天心臟病、白血病發病率亦較高。 故乙肝病毒感染可能是不可忽視的致畸因素之一。
與乙肝表面抗原陽性有關的異常兒中, 有1例臨床上有嚴重畸形,
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所以在有乙肝病毒感染而表面抗原未轉陰之前, 懷孕是有致畸風險的, 最好是轉陰後才妊娠就較安全。 對於那些乙肝表面抗原陰性者來講, 妊娠後感染乙肝病毒也會致畸, 故想生孩子的婦女, 有備無患的辦法是先注射乙肝疫苗預防,