霧化吸入的藥物通常要求使用穩定性好、黏稠度低的水溶液或混懸液， 理論上呼吸道疾病的諸多治療藥物， 只要穩定性好， 具備可溶性者， 均可以霧化吸入治療， 但實際上並不是所有藥物均臨床允許應用的。
霧化的藥物種類根據疾病種類而定。
1．祛痰製劑溴環乙胺醇（沐舒坦）、生理鹽水等。
2．抗哮喘藥物霧化吸入迅速緩解急性哮喘症狀的藥物和抗氣道炎症的藥物如激素、β2激動劑、抗膽鹼藥、呋塞米、肺表面活性物質等。 值得提出的是吸入肺表面活性物質也可緩解哮喘的症狀， 開闢了霧化吸入治療哮喘的新途徑，
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3．改善肺循環藥物前列腺素E1、前列環素、肺表面活性物質、硝普鈉、碳酸氫鈉、肝素、一氧化氮(NO)等。
4．抗生素慶大黴素、制黴菌素、異煙肼、鏈黴素等。 霧化吸入抗生素的療效受到許多因素的影響， 其中以患兒及其肺部疾病最為重要。 給病情穩定的慢性囊性纖維化的患兒霧化吸入抗生素， 能夠有效控制感染， 但療效短暫， 不持久。 對於急性☆禁☆感染者缺乏療效。 氣道阻塞和損傷會阻礙藥物分佈于肺外周區域。 耐藥菌的出現是抗生素氣道給藥的主要副作用。 目前尚缺乏有對照組的長期療效觀察， 霧化吸入抗生素治療僅限於一些病情穩定的慢性疾病患者， 如囊性纖維化，
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5．抗病毒製劑利巴韋林、干擾素等。
6．中藥製劑雙黃連、魚腥草等
