導致兒童鼻竇炎的原因可以是病毒或細菌感染， 也有一部分與過敏有關。 鼻竇炎發生後， 原發或繼發感染的細菌多為肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、厭氧菌等， 因此在治療上抗生素是必要的。 但是， 如果孩子的鼻涕主要是黏白或清鼻涕， 也可不用抗生素。 兒童鼻竇炎治療首選的抗生素包括：青黴素類藥物， 推薦使用阿莫西林+克拉黴素;頭孢類藥物主要使用一代和二代， 三代頭孢主要針對高耐藥的肺炎鏈球菌。
鼻噴激素是治療兒童慢性鼻竇炎的首選消炎藥物，
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黏液促排劑與鼻用激素和抗生素配合使用， 非常有效。 可以稀釋鼻涕， 促進鼻涕的排出， 恢復鼻黏膜的功能。
抗過敏藥對伴有過敏因素的孩子， 可以口服片劑或滴劑， 控制過敏， 治療過敏性鼻炎， 防止慢性鼻炎的發生。
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需要注意的是， 治療兒童慢性鼻竇炎不推薦使用喹諾酮類藥物， 因其對兒童骨骺發育有抑制作用。 另外， 不推薦多種抗生素聯合使用。 慢性鼻竇炎發病時間較長，
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此外， 3歲以下不適合用鼻用激素治療的患兒還可以選擇鹽水沖洗法進行治療。 鹽水沖洗作為唯一治療慢性鼻竇炎的物理療法， 對緩解症狀有益， 可以作為慢性鼻竇炎長期的輔助治療手段。
