通常是在胚胎發育階段受到各種有害因素的影響使細胞染色體發生畸變， 或有害物質抑制細胞的有絲分裂， 妨礙了胎兒器官的正常分化與發育而產生畸形。 因為胚胎細胞的生物合成很活躍， 細胞分化、生長發育均先於這種快速分化增殖的細胞本身， 所以就比較脆弱， 再加以胚胎對毒物的分解代謝和排泄很不完善， 極易受到有害因素的損害以致引起畸形。
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常見的致畸因素包括微生物(如病毒)、藥物和某些化學製劑、某些金屬和放射性物質等。 有資料表明， 在致命因素中， 藥物約占1.5%， 物理化學物質占1%;病毒及妊期疾病占1—3%， 原因迄今末查明者占65%。 值得注意的是， 約20的致畸因素來源於父母的遺傳性疾病而不是外環境的致畸因素。
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畸形的類型取決於致畸因素的種類及其作用時期。 例如風疹病毒主要導致白內障、耳聾和心臟畸形， 而先天性巨細胞病毒主要損害中摳神經系統產生小頭畸形或腦積水。 至於致畸因素的作用時期在往在懷孕早期(頭三個月)， 因為此時器官分化發育迅速， 對外界致畸因素最敏感。
當然不同的器官系統還有相應的致畸敏感期， 例如神經系統為受精後15-77天， 腦為受精後20-40天，
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注意事情
1、孕早期發生高熱的婦女
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懷孕早期有過高熱的婦女， 孩子即便不出現明顯外觀畸形， 但腦組織發育有可能受到不良影響， 表現為智力低下， 學習和反應能力較差。 這種智力低下是由於高熱造成胎兒腦神經細胞死亡， 使腦神經細胞數減少所致， 這種智力低下是不能恢復的。 當然， 高熱造成胎兒畸形還與孕婦對高熱的敏感性和其他因素有關。
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2、愛接近貓狗的孕婦
很少人知道帶菌的貓也是一種對導致胎兒畸形威脅很大的傳染病源， 而貓的糞便則是這種惡性傳染病傳播的主要途徑。 據有關資料顯示， 由於孕婦親近貓給嬰兒造成不良後果的， 約占染病孕婦的40%， 每年約有500名嬰兒被貓所害。
3、每天濃妝豔抹的女性
一項調查表明，每天濃妝豔抹者胎兒畸形的發生率是不濃妝豔抹的1。25倍。對胎兒畸形發育所產生不良影響的主要是化妝品中含的砷、鉛、汞等有毒物質，這些物質被孕婦的皮膚和粘膜吸收後，可透過血胎屏障，進入胎血循環，影響胎兒的正常發育。其次是化妝品中的一些成分經陽光中的紫外線照射後產生有致畸作用的芳香胺類化合物質。
4、孕期精神緊張的女性
人的情緒受中樞神經和內分泌系統的控制，內分泌之一的腎上腺皮質激素與人的情緒變化有密切關係。孕婦情緒緊張時，腎上腺皮質激素可能阻礙胚胎某睦組織的融匯作用，如果發生在妊娠期間的前3個月，就會造成胎兒唇裂或齶裂等畸形。
3、每天濃妝豔抹的女性
一項調查表明，每天濃妝豔抹者胎兒畸形的發生率是不濃妝豔抹的1。25倍。對胎兒畸形發育所產生不良影響的主要是化妝品中含的砷、鉛、汞等有毒物質，這些物質被孕婦的皮膚和粘膜吸收後，可透過血胎屏障，進入胎血循環，影響胎兒的正常發育。其次是化妝品中的一些成分經陽光中的紫外線照射後產生有致畸作用的芳香胺類化合物質。
4、孕期精神緊張的女性
人的情緒受中樞神經和內分泌系統的控制，內分泌之一的腎上腺皮質激素與人的情緒變化有密切關係。孕婦情緒緊張時，腎上腺皮質激素可能阻礙胚胎某睦組織的融匯作用，如果發生在妊娠期間的前3個月，就會造成胎兒唇裂或齶裂等畸形。