引起小兒腹瀉病的病因分為：（1）感染性：如病毒、細菌、真菌和寄生蟲等感染；（2）非感染性：包括飲食性、過敏性、先天酶缺陷及氣候等因素引起的腹瀉。
1．感染因素
腸道內感染：可由病毒、細菌、真菌、寄生蟲引起， 以前兩者多見， 尤其是病毒。
（1）病毒感染：寒冷季節的嬰幼兒腹瀉80%由病毒感染引起， 以輪狀病毒最常見， 其次有星狀和杯狀病毒、腸道病毒， 包括柯薩奇病毒、埃可病毒和腸道腺病毒等。
（2）細菌感染：大腸桿菌、空腸彎麴菌、耶爾森菌、沙門菌等。
（3）真菌：致腹瀉的真菌有念珠菌、麴菌、毛黴菌， 小兒以白色念珠菌多見。
（4）寄生蟲：常見為藍氏賈第鞭毛蟲、阿米巴原蟲和隱孢子蟲等。
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腸道外感染：如患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮膚感染或急性傳染病時， 可由於發熱、感染原釋放的毒素、抗生素治療、直腸局部激惹作用而併發腹瀉。
（5）濫用抗生素引起的腹瀉：長期、大量地使用廣譜抗生素可引起腸道菌群紊亂， 腸道正常菌群減少， 耐藥性金黃色葡萄球菌、變形桿菌、綠膿桿菌或白色念珠菌等大量繁殖， 引起藥物較難控制的腸炎， 有學者稱之為抗生素相關性腹瀉。
2．非感染因素
（1）飲食因素：餵養不當；過敏性腹瀉， 如對牛奶或豆漿等過敏而引起；原發性或繼發性雙糖酶（主要為乳糖酶）缺乏或活性降低， 腸道對糖的消化吸收不良而引起腹瀉。
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（2）氣候因素：氣候突然變化、腹部受涼， 或天氣過熱消化液分泌減少等誘發消化功能紊亂致腹瀉。
冬季天氣寒冷， 家長要注意寶寶腹部保暖， 注意飲食， 避免引起寶寶腹瀉。
