有些研究(Barnhart 2002;Kuivasaari 2005)報告指出, 子宮內膜異位症尤其是重度子宮內膜異位症會引起卵巢對排卵藥物的反應變差, 胚胎的品質、胚胎的著床和懷孕率也都會下降。 但也有些研究指出, 雖然重度子宮內膜異位症患者對排卵藥物反應較差, 但胚胎品質及懷孕率不會下降。 要厘清這觀點須大型前瞻性雙盲研究測試。
輸卵管水腫會影響植入胚胎著床不易是不爭的事實。
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不同的排卵(催卵)藥物是否對子宮內膜或胚胎品質有影響, 目前未有定論。 目前沒有證據顯示尿液制的排卵藥物和基因合成的排卵藥物有優劣的差別。