基礎體溫的標準測量方法是：晨起第一時間用基礎體溫計置於舌下5分鐘， 將得到的體溫值記錄在特製表格中， 連續測量1〜3個月。 同時表格上還應記錄月經情況、宮頸黏液的性狀、是否有疾病狀態等。 由於女性的基礎體溫在排卵後僅升高0.3 ~ 0.6℃， 而普通的水銀體溫計精度不夠， 測量值的最小區間是0.1℃， 所以並不適合測量基礎體溫。
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醫生更推薦使用基於熱敏電阻技術的電子體溫計， 也有一些體溫計的製造廠家在基礎體溫計中加入了記錄和繪圖的功能。
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