唐氏綜合症患者伴隨有器髒畸形變異的幾率也較高, 但並非所有併發症都會出現, 也有完全沒有併發症的例子。
消化器官畸形, 如先天性食道閉鎖症, 十二指腸狹窄, 鎖肛等。
先天性心臟病, 患病比率高達40%, 尤其是心內膜不全比例較高, 通常如果不進行早期治療會有致命危險。
白內障, 患病率為2%
急性白血病, 患病率為1%
環軸間接不穩定性, 患病率2-3%
甲狀腺疾病, 患病率3%
點頭癲癇, 患病率10%
一時性骨髓異常增生症
眼異常, 由角膜, 水晶體異常引發近視, 遠視, 亂視等
浸出性中耳炎, 容易在內耳積蓄液體引發耳炎,