妊娠期母體患有感染性疾病需用抗感染藥物時， 要注意有些藥物對孕婦和胎兒具有毒副作用與致畸作用。
孕期不宜選用的抗菌藥物有：(1)無味紅黴素， 可導致孕婦肝內膽汁淤積症和肝臟受損。 (2)磺胺類， 可滲入胎兒大腦， 導致胎兒腦損傷或出生後新生兒黃疸。 (3)四環素類， 可致孕婦肝功能衰竭， 胎兒四肢發育不良、小肢畸形和牙齒發育不良。 (4)氯黴素類， 會發生新生兒“灰嬰綜合征”， 表現為嘔吐、厭食、腹脹， 進而產生迴圈衰竭。 (5)抗真菌藥， 如酮康唑可透過胎盤， 對胎兒有致畸作用。 (6)抗結核藥物， 利福平有致畸作用，
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孕期可以選用的抗生素有：(1)青黴素類；(2)先鋒黴素類， 如頭孢氨噻肟鈉；(3)大環內酯類， 如螺旋黴素、紅黴素、阿齊黴素。 可選用的抗菌中草藥有：黃連、黃柏、金銀花、苦參、魚腥草等。 但這些藥要在醫生指導下慎重使用， 不可過量。 可選用的抗真菌藥有：制黴菌素、克黴唑， 孕期可迭用， 對胎兒較安全。
