據目前研究所知， 部分抗生素對胚胎及胎兒有不良影響。 調查資料表明， 由於用藥不當和其他因素造成胎兒各種畸形的約占畸胎總數的6%。 孕婦應用抗生素後， 藥物經母體血液通過胎盤轉運或擴散到胎兒體內。 進入胎兒體內的多少取決於藥物的理化性質、用藥量及胎盤血液供應情況。 進入胎兒體內的藥物越多， 對胎兒影響就越大。 所以在妊娠期間， 孕婦對任何抗生素的使用都須經醫生處方並在其指導下進行。
孕期可以選用的抗生素
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（1）青黴素類。
（2）先鋒黴素類， 如頭孢噻肟鈉。
（3）大環內酯類， 如螺旋黴素、紅黴素、阿奇黴素。
黃連、黃柏、金銀花、苦參、魚腥草等。 但這些藥物都應在醫師指導下慎用， 不
可過量。
可選用的外用抗真菌藥
制黴菌素， 克黴唑， 孕婦可選用， 對胎兒較安全。
孕期須慎用的抗生素
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氨其苷類藥物， 包括鏈黴素、卡那黴素、慶大黴素、丁胺卡那黴素等， 這類藥對胎兒腎功能及聽力都有損害。 如果非使用不可， 則應小劑量、短療程使用。
孕期須禁用的抗生素
氯黴素在肝臟內與葡萄糖醛酸結合解毒， 會經腎臟排出， 由於胎兒肝內酶系統不健全， 腎臟排泄能力差， 服用氯黴素後易產生"灰嬰綜合征"， 損害胎兒造血系統， 引起胎兒血小板減少性紫癜、粒細胞缺乏或再生障礙性貧血， 所以孕婦應禁用。
田四環素是典型的致畸藥， 在孕早期可與鈣鹽結合， 阻止鈣鹽進入軟骨內和骨骼， 導致胎兒四肢發育不良和小肢畸型；孕中期可抑制胎兒骨骼生長， 導致胎兒先天性白內障、乳齒發育異常及乳齒成黃色；孕晚期可引起乳齒及骨骼四環素沉積而呈黃色，
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磺胺類藥， 如複方新諾明（英文代號SMZ）易透過胎盤進入胎體， 與胎兒血中的膽紅素競爭血漿蛋白結合部位， 使血中游離膽紅素增高， 從而引起核黃疸， 所以孕婦應禁用。