孕期某些營養素的缺乏或過多, 有導致嬰兒先天性畸形的危險, 比如孕早期缺乏鋅元素或葉酸的胎兒可能發生神經管畸形, 攝入過多的維生素A則可能導致脊柱裂和腦膨出。 孩子牙齒發育的好壞與孕期母體鈣質的攝入量有關, 鈣攝入低則胎兒的牙齒就長不結實, 幼兒期易患齲齒。 孕期母體發生嚴重的貧血或營養不良還可能導致流產。
出生體重是衡量一個嬰兒健康狀況的重要指標, 低體重兒在新生兒時期易出現併發症及較高的死亡率。 妊娠時如缺乏一種必要的營養素, 即使其他營養素供給充足,
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妊娠期間, 如果孕婦攝取熱能、蛋白質不足, 可以不同程度地影響胎兒的發育。 孕期營養不良, 對胎兒的腦發育有阻遏作用, 表現在腦神經細胞數目減少、腦重量下降、腦的酶含量下降等。 一般認為, 蛋白質、熱能營養不良引起的反應, 在腦組織生長速度最快的一段時期, 最為敏感, 此期的腦細胞增殖具有“一次性完成”的特點, 如該期營養缺乏, 則腦細胞增殖受到阻遏後不易彌補。 在人類, 腦細胞增殖最旺盛的時期為妊娠最後3個月至出生後1年左右。 嚴重的蛋白質缺乏、熱能補給不足,
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胎盤是胎兒自母體獲得營養素的主要通路, 胎盤組織除被動轉運營養物質外, 還進行正常代謝和主動轉運。 孕期營養攝取不足, 尤其在伴有蛋白質、熱能缺乏時, 胎盤的正常代謝會受到影響, 造成胎盤細胞數目減少、重量下降及功能障礙。