正常新生兒幾乎全部在生後24小時內排出第一次胎便, 2~3天內排盡。 先天性巨結腸患兒由於發病的腸管處於痙攣狹窄狀態, 胎便不能通過, 所以24~48小時內沒有胎便排出, 或只有少量, 必須用肥皂條或灌腸等方法處理才有較多胎便排出。 一般在2~6天內即出現部分性甚至完全性低位腸梗阻症狀:出現嘔吐, 可能次數不多、量少, 但也可為頻繁嘔吐, 嘔吐物含有膽汁或糞便樣液體;肚子脹大, 為全腹膨脹, 有的極度膨脹, 肚皮發亮。 輔助通便後症狀即緩解, 但數日後便秘、腹脹、嘔吐又出現。 由於反復發作, 患兒多出現體重不增。
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每年都會有一批新生嬰兒患上此症。 專家研究出, 可能是源自控制腸道蠕動神經細胞內的HOXB5基因;若此基因出現變異, 便會令腸道某部分不能蠕動, 食物未能于腸內順利運行致腸段腫脹。
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以基因測試雖可驗出胎兒有否HOXB5基因變異, 唯該測試相當複雜, 不建議孕婦隨便測試, 除非是近親如父母或兄弟姐妹等患先天性巨結腸病。 即使驗出胎兒可能患先天性巨結腸病, 亦只是讓家長有心理準備, 須待嬰兒出生後先洗腸短暫解決腸塞問題, 一個月後才可作外科手術, 把有問題的腸段切除, 再把沒問題的腸段駁回肛門。