有學者認為腸胃炎之後， 腸子的黏膜會誘發敏感化， 也有學者提出代謝乳糖的酵素會被破壞， 所以會變成短暫性的乳糖不耐症， 也有學者認為是小腸的黏膜受傷了， 其實原因目前還不是很確定， 所以腸胃炎之後， 很多小朋友變成慢性腹瀉， 有些人會腹瀉超過一個月以上， 所以有些寶寶會吃很長時間的止瀉藥， 醫師有時會建議換成無乳糖奶粉一段時間， 或是攝取一些益生菌， 因為益生菌可以縮短腸胃炎引起慢性腹瀉的時間。
所以如果寶寶本來吃一般奶粉沒有問題， 一次腸胃炎之後， 只能吃無乳糖奶粉才不會拉肚子，
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至於大便的顏色， 有些寶寶的顏色會出現綠大便或是偏橘的大便， 其實都是奶粉成分代謝後的顏色， 例如鐵的成分較高或是吸收不好， 可能就會出現綠大便， 母奶則跟媽媽的食物有關， 所以吃母奶的寶寶， 大便的顏色也會有不同顏色變化， 爸媽只要注意有沒有出現血便或是黏液狀的大便， 或是大便顏色是不是像黏土狀的白色， 可能代表某些疾病， 偏綠偏橘的大便都是可以接受的。
兒童慢性腹瀉的原因很多， 如果只是感染後造成的， 可以跟醫師討論看看換奶或是食物的攝取有沒有限制，
