寶寶在出生滿6個月時就要注射流腦疫苗, 一般基礎針只注射一次, 但在流行地區3個月后要復種一次, 第二年必須加強一次, 才能維持有效的抗體水平。
此疫苗與乙腦疫苗一樣是有季節性的, 流腦一般在2月到4月份為流行高峰期, 因此流腦疫苗在這之前1個月2個月時注射,
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大部分地區還在11月~12月份注射流腦疫苗(北京地區在12月份), 如果寶寶在9月份已滿6個月, 要等到12月份才注射流腦疫苗;如果在12月份注射流腦疫苗期間寶寶才滿6個月, 那就要等到下一年的12月份才能注射。
接種流腦疫苗后的反應比較輕微, 偶爾有人出現短暫低熱, 有些大孩子(8歲~ 12歲)偶爾出現過敏反應, 即在接種后的十幾小時皮膚出現皰疹等, 此時應請醫生診治。 注射局部可能出現紅暈和壓痛, 一般在24小時內消退, 不用特殊處理。