隨著生物醫學資料的積累, 現在很清楚的一件事就是自閉症可以細分為許多亞型。 例如, 許多自閉症孩子對各種腦蛋白滴定偏高。 類似地, 許多孩子有自免疫或過敏症家族病史, 還有許多自閉症孩子自己有自免疫或過敏症的跡象或症狀。
當身體的免疫系統對於感知為入侵者的反應過度時, 過敏症就出現了。 當一種物質促使身體的免疫系統反應, 這種物質稱為過敏原。 當一種過敏原如灰塵或者植物花粉被吸入肺內, 它很快就被免疫系統作為入侵者識別出來。 然後免疫系統創造一種抗體來打擊入侵者。
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許多自閉症兒童至少首先表現出免疫失調, 要麼反應過度, 要麼反應不夠。
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自免疫過程的一個秘密是孩子體內有針對中樞神經系統蛋白質髓磷脂保護蛋白質(MBP)的自抗體。 一項對比研究把33個自閉症孩子跟18個正常孩子, 20個智力遲緩孩子, 12個唐氏綜合症孩子做了比較, 58%的自閉症孩子體內發現抗髓磷脂保護蛋白質的自抗體, 其他孩子中只有9%的幾率。 這是一個令人振奮的發現, 因為髓鞘形成是人腦發育的重要組成部分。 在髓磷脂像護套一樣把神經包圍起來, 神經必須依賴髓磷脂才能有效地傳導能量的脈衝。
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自免疫的研究結果為自閉症的其他亞型及其成因提供了理論支援。 如前所述, 含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失調, 營養狀況失衡, 以及體質虛弱。 另外, 越來越多的臨床資料顯示一些自閉症孩子患有慢性的, 臨床症狀不明顯的感染症, 而這些感染症對於孩子的不良特性具有重要的病因學價值。