細菌性痢疾, 顧名思義是由細菌引起。 抗生素可殺滅和抑制細菌的生長, 所以要合理地應用有效的抗生素。 所謂“合理”、“有效”, 有多種含意, 因為並非所有的抗生素都適用於治療細菌性痢疾, 應注意選擇對痢疾桿菌有殺滅作用的抗生素。 另外, 應用抗生素時, 在用藥的方法, 用藥的療程上, 因急性、中毒性、慢性痢疾而有所不同。 常用的藥物有複方新諾明、氨苄青黴素、氟呱酸、吡呱酸、慶大黴素、卡那黴素、菌必治、痢特靈、黃連素等。 在用藥方法上, 有口服和注射, 注射分肌肉注入和靜脈輸入, 還有將藥物經肛門注入的灌腸。
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慢性痢疾的治療難度較大, 患兒久病身體虛弱, 自身抗病能力差;所用抗生素較多、時間較久, 細菌多產生了耐藥性, 治療效果較差。 因此,
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常採用間歇療法, 即用藥7~10天, 停4天, 再用藥4天, 如此用藥整個療程共23~26天。 治療效果不佳時, 可採用藥物灌腸, 每日1次, 療程7~12天。 還可同時用中藥治療。 為提高患兒自身抵抗力, 可採用支持療法, 小劑量反復輸血或輸血漿。