有人以為腹瀉必然是胃腸道細菌感染, 因而遇到腹瀉便用抗菌藥物, 如痢特靈、黃連素、四環素、卡拉黴素、慶大稱素等。 其實, 腹瀉未必就有細菌感染。 誠然, 霍亂、痢疾和一部分大腸桿菌引起的腸炎確實是細菌感染, 治療時常常需要抗菌藥物。
但是, 腹瀉有時是腹部受涼、過敏或嬰兒飲食增加過多所造成, 這時便沒有感染存在。 另外有些腹瀉, 比如嬰幼兒秋冬季腹瀉, 成人和大孩子夏季流行性腹瀉, 和黴菌性腸炎等都不屬於通常的細菌感染。 嬰幼兒秋冬季腹瀉和夏季流行性腹瀉, 系病毒感染所引起,
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普通抗菌藥物主要作用對象還是細菌感染, 對病毒一般無效。 到目前為止, 對腸道內的病毒還沒有一種有效的藥物可予殺滅, 因此病毒感染時用抗菌藥物治療是有損無益的。 除可以導致耐藥細菌感染外, 各種抗菌藥物都有各自的副作用, 如噁心、嘔吐、厭食甚至影響肝、腎和造血功能, 不應當用時濫用當然得不償失。
抗菌藥物長期應用本來就可造成黴菌感染, 因此黴菌引起的腹瀉是不應該用抗菌藥物的, 如果應用, 等於火上澆油, 只會加重感染, 延誤病情。