腦部疾病腦炎、腦膜炎、腦血管病及腦出血、腦外傷、顱內腫瘤均可引起頭痛， 其多為持續性。 如患顱內腫瘤， 孩子會在每天早晨起床時頭痛明顯， 還可伴有發熱、昏睡或煩躁、嘔吐、抽搐、肢體無力等症狀。 此時， 須立即由醫生進行神經系統檢查及做腰穿術查腦脊液、頭顱CT和眼底等檢查，
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腦外局部因素鼻竇炎的患兒有時以頭痛為主要表現， 且頭痛以夜間睡眠時為主。 孩子還伴鼻塞、發熱、局部壓痛等症狀。 學齡兒童因屈光不正引起的頭痛現象也較為常見， 孩子多在上課或用眼過度時發生頭痛。 中耳炎患兒在出現發熱、耳痛、外耳道流膿等症狀時， 亦可發生頭痛。
其他疾病任何原因所導致的發熱， 均可使孩子出現頭痛症狀， 且大多隨熱度的下降， 頭痛逐漸緩解。
藥物因素長期過量服用維生素A， 可引起孩子發生顱內高壓而出現頭痛。 而長期應用皮質激素後， 如突然停藥， 亦可誘發頭痛。
精神因素孩子在學習較為緊張和睡眠不足時， 可引起頭痛發作。
