習慣性流產僅僅只是一種症狀， 但在這種表現背後， 隱藏著疾病根源， 最常見病因有以下幾種：
1.遺傳因素：近親結婚， 夫妻雙方或一方染色體異常， 夫妻雙方血緣關係越近， 下一代染色體異常越易表現為顯性， 染色體異常胚胎多不能存活而導致流產。
2、先天性子宮畸形：如雙角子宮、子宮過小、宮腔粘連、子宮肌瘤等也可造成習慣性流產。 子宮是孕卵著床、發育、成長處所， 子宮異常使孕卵無法正常發育便導致流產。 妊娠中高熱， 細菌使胎兒， 孕婦貧血都能引起流產。 子宮畸形和腫瘤能影響到胎兒的發育。
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3、黃體功能不全：包括黃體壽命縮短， 以及黃體分泌功能低下， 以至孕酮分泌量不足， 子宮內膜分泌反應不良等， 造成孕卵不易著床或著床後孕卵發育受到影響， 導致流產。
4、母嬰血型不合：最常見為ABO血型不合， 假如母親和胎兒之間血型不合,胎兒從父親方面得到抗原， 進入母體產生抗體， 使之破壞溶血， 嚴重可使胎兒死亡， 導致晚期流產。
5、免疫因素。 要是母體和胎兒的免疫不合適， 那麼就能出現母體對胚胎排斥的現象發生， 造成流產。
6、子宮頸內口鬆弛：習慣性晚期流產常由宮頸內口鬆弛引起。 由於手術損傷， 少數是先天性發育異常引起宮頸內口擴張，
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6、多次不當人流手術： 人流手術由於實施及術後消炎不當易發生感染,引發子宮內膜炎、子宮內膜異位症、盆腔炎、宮腔粘連， 進而導致習慣性流產和不孕症。
除此之外， 還有4%左右的習慣性流產原因不明， 其中免疫學因素是目前認為比較重要的原因之一。
從免疫學的角度看， 胎兒－胎盤單位含有來自父母雙方的遺傳基因， 對母體來說它是一個半同種移植片。 “胎兒同種移植”的成功即妊娠的成功， 必須依賴阻止有害的母體免疫反應。
同種異體的胎兒－胎盤單位不被排斥的機制目前認為主要有：
1、母體對主要組織相容性抗原複合體（MHC）， 滋養層（TLX）及丈夫B淋巴細胞等產生封閉抗體， 阻止致敏T細胞對胚胎的攻擊；
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2、母胎接觸面的封閉因素：如封閉抗體及封閉因數；蛻膜細胞的免疫抑制；來自子宮的淋巴結免疫抑制；滋養層細胞抗原部位被遮蓋等；
3、母體內的各種免疫抑制因數的作用:如孕激素， 絨毛膜促性腺激素， 鹼性磷酸酶， 早孕因數， 甲胎蛋白及淋巴因數等；
4、胎兒的封閉因素；
5、當以上的某個環節出現異常時， 滋養層或胚胎受到免疫攻擊， 導致胚胎的死亡， 妊娠的終止。 因此按照免疫學的觀點， 流產也是一種免疫排斥反應， 是同種移植物失敗的結果。
