隨著現代醫學的發展， 口腔診療操作專案越來越多， 服務範圍越來越廣， 因此對口腔診療環境的要求也越來越高， 口腔診療環境首先應該整潔明亮、通風良好。 在佈局上應劃分無菌區（為患者做手術的區域）、清潔區（一般診療區域及器械消毒區域）、污染區（器械清洗區域和一次性醫療廢器暫時存放區域）。
口腔診室內診療台、診療椅、工作人員辦公桌、辦公椅等物體表面， 每日開診前後， 都用消毒液擦拭， 再用清水擦拭， 診療過程中如遇特殊污染情況， 隨時用消毒液擦拭。
地面每日用消毒液拖洗一次，
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口腔牙鑽結構複雜， 且經常接觸破損的粘膜， 有血液污染， 所以必須滅菌。 它的滅菌方法應根據不同品牌、不同製造商的要求而定。 常用的方法有：壓力蒸汽滅菌、固體熱源滅菌、微波滅菌、高效消毒藥物浸泡滅菌等。 具體做法是：先用消毒劑擦拭， 再用清水沖洗， 最後再選用一種方法滅菌。
口腔科接觸病人傷口和血液的其他器械， 如拔牙鉗、挺子、鑿子等， 每人用後均進行消毒、清洗、幹熱滅菌或壓力蒸汽滅菌處理。
潔牙器、牙周刮治器、擴大針、手術刀片等用後先消毒、沖洗， 再用2%戊二醛浸泡滅菌。
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檢查器、充填器、印模、蠟塊、石膏模型、修復體等正畸、修復器械用消毒藥薰蒸、浸泡或擦拭消毒處理。
這些棉球、紗布等都是由醫院中心供應室統一進行壓力蒸汽滅菌的。 滅菌後密閉保存， 保存期限為7~14天， 但一旦將包裝開啟， 使用時間不得超過24小時， 超期未用完的必須重新滅菌或改做其它用途。
口腔科使用的玻璃容器（如碘酒瓶、酒精瓶等）及金屬容器（如泡鉗筒等）， 送供應室壓力蒸汽滅菌， 每週兩次。 塑膠容器用消毒藥浸泡處理。
口腔縫合包使用後， 先再送供應室壓力蒸汽滅菌。 用消毒液浸泡消毒， 再清洗。
口腔治療要用經過濾膜過濾的自來水或者蒸餾水。
口腔科常用消毒劑有成二醛、含氯製劑、過氧化氧、碘酒、酒精、碘甘油等，
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口腔科一次性注射器、一次性治療盤（包括探針、鑷子、口鏡等）是醫院器械科從國家正規器械公司統一購進， 並按照國家有關規定， 查驗必要的證件及品質把關， 院感科每批抽樣做監測。 這些用品都是一人一份一用， 用後立即毀掉、消毒， 送供應室集中， 再上交給上級衛生行政部門指定的單位統一銷毀。
科內指定責任人每日監督檢查， 院感科每月抽查， 各級防疫站按季檢查，
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醫院院感科每月對口腔科空氣、物表、工作人員手、消毒器械、滅菌器械、消毒劑、滅菌劑等進行微生物學監測。
口腔辯的污水從醫院污水管道流入醫院汙水處理站， 進行徹底處理後， 再流人城市統一管道。
口腔科病人使用後的汙物（如棉球、紗布、棉簽等）一律裝入黃色垃圾袋， 密閉運送至醫院焚化爐焚燒處理或者轉運至城市醫療垃圾處理站統一處理。
