急性細菌性痢疾的病程超過2個月， 即為慢性痢疾。 造成慢性痢疾的原因， 有內外兩方面的條件。 外因是治療不當， 包括未能及早診斷急性痢疾而延誤了及時治療；選擇的藥物不合適；療程不足， 沒有徹底治癒就過早停藥。 內因是患兒本身的因素， 因藥物的療效必須通過人體發揮， 即外因通過內因起作用。 用同一種藥物給兩名患同一種病的患兒治療時， 可得出不同的效果， 就是這個道理。 因此， 慢性痢疾多見於身體虛弱、抵抗力差的嬰幼兒。
慢性痢疾的患兒，
沒有急性痢疾時的發熱、劇烈腹痛、頻數膿便或膿血便以及裡急後重等急性表現，
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腸道症狀也不典型，
糞便可僅有大量粘液，
看不到有膿或膿血，
或為粘液便、膿便、膿血便間斷、交替出現，
少數情況下可為成形便、外面稍帶有膿血。
如不仔細觀察，
多次作顯微鏡檢查或培養，
常會造成漏診或誤診。
慢性痢疾的上述表現可遷延不愈，
也可呈病情好轉與惡化交替出現，
或在病程中出現急性痢疾的發熱、急性腹痛、頻數膿便或膿血便、甚至裡急後重。
後一種情況也稱急性發作或再發。
