絕大多數小兒急性腎小球腎炎的病程經過及預後較好。 一般水腫、高血壓最先恢復（約1-2周）， 肉眼血尿也隨之消失；鏡下血尿及微量蛋白尿雖可持續數周或數月， 但絕大多數患兒6個月-1年內臨床症狀消失， 實驗室檢查指標恢復正常， 少數可遷延1-3年， 其中多數仍可恢復正常；只有極個別病例可因急性期發生嚴重併發症而死亡。 死亡的主要原因是急性腎功能衰竭。
關於急性腎炎的長期預後問題， 總的來說， 絕大多數患兒6個月至1年內治癒。 但在判斷小兒急性腎小球腎炎預後時， 要考慮以下幾個因素：
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一、 年齡：小兒期急性腎炎預後較成人為佳， 他們恢復快， 痊癒率高。
二、 發病情況：一般認為鏈球菌感染流行時發生的病例較散在發生者為佳。
三、 急性期表現：急性期症狀和實驗室檢查類似腎病綜合症者（浮腫嚴重、尿蛋白+++以上及血清膽固醇增高）、高血壓持續3個月以上者， 以及肌酐清除率明顯下降者， 轉入慢性腎炎的機會較多。
四、 病理改變：經腎臟穿刺活體檢查病理改變是判斷預後的可靠依據。 如有嚴重的上皮細胞增殖， 或嚴重而持久的內皮細胞增殖， 以及後來轉入硬化性改變者預後較差；急性期系膜增生輕微及具有典型“駝峰”樣改變者預後較好。
