接種疫苗時， 體內發生不相宜的不良反應稱為副作用。 雖說疫苗是將致病菌或病毒滅活或減毒製成， 但是接種疫苗卻如同讓人得了一場小病。 因此體內出現某些反應也並不奇怪。
副作用的主要症狀有接種部位發紅、腫脹、發熱等。 這些反應一般在接種後48小時以內出現， 偶見過敏性休克， 症狀是臉色發青、呼吸困難、失去知覺， 這是對疫苗中含有的某種成分過敏所致。 但是立即採取適當處置措施的話， 就不會造成嚴重的損害。 接種後當場觀察嬰兒的狀況， 也是為了及時對意外進行處理。
當嬰兒在離開醫院之後出現副作用時(如出現接種部位腫大、接種一側的腋窩淋巴結腫大、發熱、頭痛、嘔吐等症狀)，
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各種疫苗接種後反應卡介苗接種10～14天， 呈現小紅結節， 4～6周變成膿包或潰爛。 平均2～3個月會癒合。 乙肝疫苗通常無任何不適， 極少數偶有輕微發燒、食欲減退的暫時現象。 脊灰疫苗服用脊髓灰質炎糖丸疫苗後一般無任何不良反應， 它是一種非常安全、有效的疫苗。 但極個別兒童服用可能出現發熱、嘔吐、皮疹或輕度腹瀉等反應。 一般持續時間都很短， 症狀便可消失。 百白破疫苗局部部位可能會紅腫、結硬塊。 接種後2～3天可能會發燒、疲倦、胃口不佳。
