流感最常見的併發症是肺炎, 其他還有肌肉炎、心肌炎、心包膜炎、神經系統併發症, 而流感繼發肺炎球菌肺炎是其中最嚴重的一種。
據有關統計資料顯示, 在造成上世紀初歐洲死亡5000萬人的1918年流感大流行中, 絕大部分死亡病例源自流感病毒感染後繼發的細菌性肺炎。 1957年美國流感大流行期間, 美國各種呼吸道疾病特別是肺炎造成的住院和死亡數量均顯著增加。 美國的相關統計表明, 在流感流行季節中, 約50%的死亡病例死於肺炎, 其中絕大部分是肺炎球菌造成的。
流感還會造成被感染者免疫系統是重無法有效運作。