1.胚胎染色體、基因異常
這是自然流產最常見的原因。 染色體異常導致的早產、流產幾乎占到2/3， 染色體異常的胚胎多數會發生胚胎退化甚至消失， 即使極少數發育成胎兒， 出生以後也都有畸形或一些器官功能異常。
2.外界的不良刺激
影響胚胎的外界因素比較多， 如鎘、鉛等重金屬， 有機汞、甲醛、苯雙對氯苯基三氯乙垸等化學物質， 還有放射性物質、電離輻射等， 孕媽媽接觸後， 會直接作用或通過胎盤影響胎寶寶， 使其發育受損， 發生流產。
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3.孕媽媽自身的原因
內分泌不足：最常見的是黃體酮不足， 導致胚胎著床不牢同。 甲狀腺功能減退、嚴重的糖尿病等：也可能導致流產。
全身性疾病：如發高熱、嚴重的感染， 如梅毒、支原體、巨細胞病毒、皰疹病毒等。
子宮發育不全：單角子宮、子宮縱隔等， 或子宮肌瘤， 特別是肌瘤變性時可以刺激子宮收縮。
宮頸機能不全，
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少數是因為免疫功能障礙：胚胎對孕媽媽來說， 是個"異體"， 因為有一半的遺傳物質是來自父親那一方的， 母體易產生排異， 排斥胎兒引發流產。
母兒血型不合：主要是Rh血型不合等， 也屬於免疫功能異常所致的流產。 很少情況下， 精神創傷、過度勞累、劇烈運動、同房等也可以引起宮縮導致流產。