預防腦積水發生的關鍵是消除腦積水形成前的危險因素和胎兒期、圍產期導致此疾病的因素。
一、 消滅和改善遺傳因素與環境因素
先天性腦積水是由遺傳因素和環境因素共同作用所致的多因數疾病。 除遺傳因素外， 環境因素中的病毒和弓形體原蟲的宮內感染對胚胎的發育影響較大， 可導致胎兒嚴重的先天性畸形， 如腦積水。 另外， 孕早期的輻射因素也會導致先天性腦積水。
婚前檢查、杜絕近親結婚、遺傳諮詢可以避免此病的發生。 隨著強制婚檢的取消， 孕前檢查、孕前指導、孕前預防性治療成為預防先天性腦積水的最重要保障。
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二、加強產前早期診斷， 及早終止妊娠
產前早期診斷是預防先天性腦積水的重要途徑。 明顯的腦積水患兒可在孕12—18周通過B超查出。 一旦查出應及早終止妊娠， 預防腦積水患兒的出生。
三、安全分娩， 避免感染
分娩時避免胎兒窒息， 防止產傷;在產後保健期， 早產兒要有早產監護， 足月後要進行足月處理， 避免感染。 這些均是預防腦積水發生的重要環節。
