基礎體溫以其特有的曲線規律， 間接地反映出婦女卵巢的功能變化。 因而在臨床上依據此曲線規律作為診斷和治療某些婦科疾病的依據之一。 其意義具體如下。
1．從基礎體溫轉變規律， 可瞭解有無排卵， 從雨可以指導避孕， 也可以使不孕患者正確地掌握受孕時機。 對於功能性子宮出血者， 也可從體溫曲線變化以區分出血的類型， 即有排卵性， 或無排卵性， 還是排卵期出血。 還可以從黃體期的長短， 體溫上升的幅度， 以及下降的時間， 推算黃體功能是否健全。 黃體期基礎體溫在高水準線上， 正常為12～16天，
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2．鑒別閉經的類型：閉經且有良好的雙相基礎體溫曲線， 則病變在子宮， 如子宮結核、宮腔粘連等。 如基礎體溫持續單相形， 則病變部位可能在卵巢、垂體或丘腦。
3．預測早孕：若黃體期延長， 基礎體溫不下降， 是診斷早孕的依據之一。 若黃體期超過16天， 則診斷早孕正確率為97%， 若以超過20天為診斷標準， 則正確率為100%。
4．此外尚可用作診斷先兆流產， 對黃體功能不健全與多囊卵巢綜合征患者術後及對無排卵者等治療效果的觀察等， 這些均以系統觀察基礎體溫為參考。
