在造成胎兒畸形的原因中, 環境因素是一項日益重要的因素, 目前的生活環境裡導致胎兒畸形的物質, 比起三、四十年以前增加了許多, 醫學上把這些對發育中的胎兒有影響, 或有副作用的因數, 稱為“畸胎原”, 這些畸胎原包括藥物、感染、化學物品及放射線物質等。
胎兒在發育過程中, 受到畸胎原的影響, 會產生細胞分裂, 組織器官的改變導到畸形, 甚至死亡, 而這種傷害對胎兒來說, 是極為嚴重而且是不可逆轉的, 畸胎原造成畸形的嚴重度是取決於下列3個要素, 胎兒的懷孕周數、畸胎原劑量的多少、胎兒的體質,
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一般而言, 懷孕的前三個月, 是細胞分化及器官形成的重要時期, 畸胎原此時最容易造成胎兒異常, 但是在整個懷孕過程中, 胎兒都可能會受到畸胎原的影響, 胎兒暴露于畸胎原的劑量越高, 對於胎兒的畸形傷害也越大。 另外同樣的畸胎原對不同的胎兒會有不同的病變, 而造成這種差異的原因, 主要是胎兒的遺傳形態所決定。
目前已知約有2%到3%的先天性畸形是由藥物所引起的, 容易引起畸形的藥物包括男性荷爾蒙、酒精、某些抗生素(如四環黴素)、抗凝血劑、抗癌藥物、鎮定劑等, 但是不是所有的上述藥物, 均會造成胎兒畸形, 而只是機率高低的程度。
這些藥物影響所造成的畸形不盡相同,
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另外化學物質的污染, 例如鉛、汞等, 均是常見的畸胎原, 易導致胎兒生長遲滯, 神經系統及智力上的障礙。 這種污染常見於工業廢水污染河川, 但這種化學物品的中毒, 均是長時間累積而造成的, 孕婦大可不必過分擔憂。
放射線的暴露, 也是孕婦擔憂的另一種畸胎原, 其致畸形的效應常視放射線的劑量而定。
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咖啡或茶所含的咖啡因及電腦顯示器的輻射量, 是否會造成畸形, 目前均尚未被證實。