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熱性驚厥為小兒驚厥中最常見的一種, 預後一般良好, 引起智力低下的發生率很低, 這是因為一般單純性熱性驚厥, 發作次數少、時間短、恢復快、無異常神經征, 因此驚厥發作時對大腦的影響較少。 但是其中有少數患者可以引起智力低下, 目前對此有兩種解釋, 一種認為嚴重的熱性驚厥可以引起腦損傷, 以致出現癲癇及智力低下, 這是指驚厥持續時間越長, 驚厥復發次數越多, 出現腦損傷的可能性就越大。 另一種觀點認為, 在熱性驚厥前, 神經系統已出現異常, 這種小兒即使不發生熱性驚厥也會出現智力低下, 即認為熱性驚厥病兒的神經系統症狀並非驚厥本身所致,
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另外驚厥引起腦損傷和年齡也有密切關係。 小兒驚厥持續30分鐘以上就可以產生神經元缺血性改變, 而成人驚厥超過6小時才發生這種改變。 這是因為嬰幼兒時期腦組織代謝活躍, 神經細胞處於生長、分化旺盛時期, 正在發育的腦組織最易受損害, 所以驚厥發病年齡越早, 其智力低下的發生率可能會越高。
總之熱性驚厥之前如已有神經系統異常, 可能導致將來的智力低下, 嚴重驚厥本身也能引起腦損傷而影響智力。