人體對甲肝疫苗的耐受良好, 大多數人接種後沒有任何甲肝疫苗不良反應。 少數人可在接種部位發生輕度的紅腫或輕微疼痛, 上述甲肝疫苗不良反應一般在24—72小時消退, 屬於正常的甲肝疫苗不良反應。 極少數人可出現乏力、發熱、厭食、腹瀉、噁心、嘔吐過敏性皮疹等症狀, 這種甲肝疫苗不良反應, 通常也是短暫的, 大多在24小時內可自行緩解。
一般說來, 發生輕度的不良反應, 不必進行特殊處理, 均可自愈, 局部反應較重時, 可在72小時以後局部熱敷, 每日數次, 每次10—15分鐘。 對較重的甲肝疫苗不良反應, 必要時可採取對症治療。