(一)隔離傳染源
對本病患者嚴格執行呼吸道隔離， 是重要的預防環節。 隔離期自起病開始， 為期7周;或痙咳開始， 為期4周。 密切接觸的易感兒(特別在集體機構中)需檢疫3周。 成人患者需注意避免接觸小兒。 疫源地只需通風換氣。
(二)保護易感者
1、主動免疫
目前常用白百破(DPT， 白喉類毒素、百日咳疫苗、破傷風類毒素)三聯疫苗， 對出生3～6個月的嬰兒進行基礎免疫， 皮下注射三次。 在流行期， 1個月的患兒即可接受疫苗接種。 強調全程免疫， 以後再按規定加強。 百日咳疫苗偶可引起腦病等神經性反應， 故原有腦部疾患或驚厥性疾病、或首劑百日咳疫苗注射後曾有驚厥者，
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乙型腦炎流行季節也不進行百日咳疫苗注射。 現用的全細胞百日咳疫苗雖發揮了一定的作用但效果尚不夠理想， 免疫後再患百日咳的兒童和成人發病者屢有報導。 無細胞百日咳疫苗：即使用百日咳桿菌的某些組成部分， 而不是用全個百日咳桿菌製成的百日咳疫苗， 其保護效果較全細胞百日咳疫苗好， 同時避免了全細胞疫苗的副反應。
1981年日本Sato開始用以百日咳毒素(Pertussiu Toxin PT)和絲狀血凝素(Filamentous hemagglutmin FHA)為主要組分的無細胞百日咳疫苗獲得成功。 英、美、瑞典等國家隨後研製各種無細胞百日咳組分的疫苗用於人群最得效果。 已證實無論何種無細胞百日咳組分疫苗，
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2、被動免疫
對幼嬰或體弱者， 于接觸病人後可給百日咳高效價免疫球蛋白， 但預防和減輕症狀的效果不顯著， 故應用者少。
(三)藥物預防
嬰兒接觸病人後， 即給紅黴素每日50mg/kg， 分4次口服， 連用10～14天， 效果較好。
