第一是不少孩子沒有及時接種或沒能全程接種預防疫苗(百白破三聯疫苗),有人因為這種疫苗的副作用較大而不願意接種;
第二是百日咳桿菌"適應"了百日咳疫苗,產生了"免疫抵抗",也就是說百日咳桿菌發生了基因變異,使原來的疫苗失去效用;
第三是引起百日咳病症的病原菌更為複雜了,除了百日咳桿菌外,還有副百日咳桿菌也能引起百日咳樣症狀.
近年來的研究還發現,兒童感染某些衣原體、腺病毒後也會產生百日咳樣的症狀,臨床難以區分.更令人驚歎的是,一種叫做"支氣管敗血性鮑特氏桿菌"的病菌也參與其中,此菌本來是動物疾病的病原體,但偶爾也可引起兒童慢性咳嗽,發生類似於百日咳樣症狀.現代百日咳的病因更為複雜化了,對預防和治療都提出了挑戰.