1、發病病毒：
病原體兩者均為腸道病毒感染引起， 皰疹性咽峽炎為柯薩奇A組病毒， 手足口病以柯薩奇A組16型、腸道病毒71型（EV71）多見， 重症手足口病多由EV71感染引起。
2、發病特徵：
（1）診斷僅於口腔咽齶部位、懸雍垂的黏膜上或口腔其他部位出現皰疹， 診斷為皰疹性咽峽炎， 如手、足、口、臀、膝關節、肘關節等部位出現斑丘疹、皰疹， 診斷手足口病。
（2）皰疹性咽峽炎與手足口病均可以伴發熱或不伴發熱。
（3）部分手足口病患兒口腔未見皰疹， 也可以先於口腔部位出現皰疹， 之後再出現手、足、臀、膝關節、肘關節等部位的皮疹。
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2 皰疹性咽峽炎鑒別診斷二 皰疹性口腔炎
1、發病病毒：
為單純皰疹病毒Ⅰ型感染所致。
2、發病特徵：
（1）多見於1～3歲小兒， 發病無明顯季節差異， 呈現更大的， 持續更久的潰瘍。
（2）皰疹性咽峽炎皰疹主要發生在咽部和軟齶， 有時見於舌但不累及齒齦和頰黏膜， 此點與皰疹性口腔炎迥異。
3 皰疹性咽峽炎鑒別診斷三 復發性口瘡和Bednar口瘡
1、發病病毒：
無。
2、發病特徵：
很少發生於咽部， 而且一般無全身症狀。
4 皰疹性咽峽炎的診斷方法
1、可根據症狀和特徵性口腔損害作出診斷。
2、最好通過從損害處分離到病毒或通過特徵性抗體滴度升高加以證實， 但這些檢查並不推薦常規採用。
3、皰疹性咽峽炎的主要表現為急驟發熱，
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5 皰疹性咽峽炎鑒別診斷的注意事項
1、皰疹性咽峽炎起病2日內口腔黏膜出現少數（很少多於12個）小的（直徑1～2mm）灰白色皰疹， 周圍繞以紅暈， 多見於扁桃體前部， 但也可位於軟齶， 扁桃體， 懸雍垂， 舌部等。
2、在以後的24小時內水皰破潰變為淺潰瘍， 直徑一般在5毫米以下， 1～5日內癒合。
3、症狀一般7日內消失， 在感染後能產生持久的免疫， 但A組中其他型病毒或其他腸道病毒也可能引起再次發病。
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