藥物的副作用與其成分及性能、用藥途徑、劑量、使用的頻率、時間長短等密切相關。 短效避孕藥（簡稱COC）與緊急避孕藥（簡稱ECP）都是口服用藥， 除用藥途徑相同外， 在其他影響因素方面均有所不同， 因此副作用的表現可能各異， 很難用孰大孰小做簡單的比較。
緊急避孕藥與短效避孕藥的成分不同， 有些產品， 如毓婷， 僅含有孕激素左炔諾孕酮， 另一類產品， 如司米安， 則僅含有抗孕激素米非司酮， 由於這兩類緊急避孕藥都不含雌激素， 所以與短效避孕藥相比， 服用緊急避孕藥後噁心、頭疼等由於雌激素引起的適應性反應相對輕微些。
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另一方面， 以毓婷為例， 它每片所含的孕激素劑量比單片短效避孕藥所含的左炔諾孕酮的劑量要大， 而且， 緊急避孕藥的療程很短， 間隔12小時服用兩次， 或金只單次服用一次就可以， 所以， 服用緊急避孕藥後短時間內發生撤退性出血的情況就比較多見， 而且還會使下次月經的時間提前或推遲。
短效避孕藥則相反， 連續21天服用， 血藥濃度持續平穩， 停藥後3-5天發生撤退性出血， 出血的週期與正常月經非常相似， 很容易為女性所接受。 如此看來， 緊急避孕藥對月經出血模式的影響要大於短效避孕藥。
儘管短效避孕藥與緊急避孕藥的副作用在表現形式和程度有所不同， 但總體而言， 它們的副反應發生率都不高，
