新生兒的腸管較長, 約為身長的8倍(成人僅4.5倍), 小腸相對較長, 分泌面積及吸收面積大, 故可適應較大量的流質食品。 小腸吸收好, 通透性高, 有利于母乳中免疫球蛋白的吸收, 但也易對其他蛋白分子(牛乳、大豆蛋白)產生過敏反應。
新生兒咽入的空氣2小時后可達回腸, 3~6小時達結腸, 并均勻地分布于整個大小腸, 因此腸管平時含有大量氣體, 經常呈膨脹狀態;同時, 因新生兒生長發育快, 需要大量的營養物質, 腸內細菌含有各種酶, 能水解蛋白、分解碳水化合物、使脂肪皂化、溶解纖維素、合成維生素K和B族維生素,