(2)主要行腹部倒置側位片明確肛門直腸畸形位置高低。 方法為出生后24小時(有關資料指出生后12小時即可), 先將患兒臥于頭低位510分鐘。 再提起患兒雙腿倒置3分鐘, X線中心與腹片垂直, 射人恥骨聯合, 在患兒吸氣時攝人。 其原因為未到出生24小時, 患兒吞咽氣體未到達直腸末端。 依據直腸末端氣體影與PC線(恥骨尾骨連線)和L線(經過坐骨結節作與PC線平行線)的關系明確位置。 低于I線的為低位肛門直腸畸形, 高于PC線的為高位肛門直腸畸形,
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(3)對于有瘺管的肛門直腸畸形的患兒可行經瘺管造影明確診斷。
(4)行肛門B超對診斷有幫助。
(5)目前針對肛門直腸畸形行CT、MRI的應用增多, 其準確率高, 同時可了解恥骨直腸肌與肛門括約肌的發育情況。