妊娠期（尤其是妊娠早期）胚胎或胎兒在發育過程中， 由於自身有缺陷或受到不良因素影響停止了發育， 造成流產。 其原因有：
1、胚胎自身缺陷：
可能是由於父親或母親的染色體或基因出了問題， 也可能是受精卵中的遺傳物質發生了改變。 早期自然流產中， 染色體異常的胚胎占50%——60%， 多數為染色體數目異常， 其次為染色體結抅異常。
2、母體因素：
a、內分泌失調：
胚胎早期發育的時候， 需要雌激素、孕激素和絨毛膜促性腺激素等處於正常水準， 並相互協調。 如果母體自身的內源性激素不夠，
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b、子宮環境不適合胚胎的生長：
包括子宮內膜太薄， 孕卵紮根不深， 長得不好， 就很容易停止發育；子宮畸形、子宮肌瘤使子宮有用的面積變小， 這樣也容易導致胚胎停止發育；還有宮腔粘連、子宮結核都可能會導致胚胎的停育。
c、全身性疾病：
妊娠期患急性病， 高熱可以引起子宮收縮而致流產；細菌毒素或病毒通過胎盤進入胎兒的血循環， 致胚胎死亡。 此外孕婦患嚴重貧血或心力衰竭、慢性腎炎或高血壓等可致胚胎或胎兒缺氧， 引起胚胎死亡導致流產。
3、環境因素：
影響生殖功能的外界不良因素， 可以直接或間接地對胚胎或胎兒造成損害，
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4、免疫因素：
胚胎和母體間存在複雜而特殊的免疫學關係， 這種關係使胚胎不被排斥。 若母兒雙方免疫不適應， 則可引起母體對胚胎的排斥而致流產。
