1、藥物：目前已知約有2%-3%的先天性畸形， 是由藥物所引起的。 容易引起畸形的藥物包括：男性荷爾蒙、酒精、某些抗生素、抗凝血劑、抗癲癇藥、抗癌藥、鎮定劑等。 這些藥物影響所造成的畸形不盡相同， 但常發生在腦部、心血管、面部和泌尿生殖系統。
2、先天性的胎內感染：例如麻疹、梅毒等。 麻疹的胎內感染率及致畸形率， 在懷孕頭三個月最高， 常會導致孩子白內障、心臟病及聽覺異常。 在胎內感染中， 最常見的是濾過性病毒(如以上二者)， 但目前尚未發現有濾過性病毒引起的流行性☆禁☆感冒導致先天性胎兒畸形的病例。
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3、化學物質的污染：例如鉛、汞等， 均是常見的畸胎原， 易導致胎兒生長遲緩、神經系統及智力發展上的障礙。 這種污染常見於被工業廢水污染的河川， 化學物質會滲入水產類食物， 由准媽媽食用而造成胎兒畸形。
4、放射線：它的致畸效應， 常視放射線的劑量而定。 一般的胸部X光照射， 並不足以引起胎兒畸形， 但累積的劑量越多， 或照射的部位越靠近子宮的話， 畸形的危險性越高。 至於電腦顯示器的幅射量， 是否會造成畸形， 目前正在研究中， 為以防萬一， 還是少用電腦、手機為好。
5、咖啡因：在懷孕前三個月， 每天喝超過三杯的咖啡或茶， 會使流產的機率增加一倍！因為茶和咖啡都含有咖啡因， 與流產及生出畸形兒有極大的關係。
