腦干包括延髓、橋腦和中腦3部分，
是連接脊髓與間腦、大腦的狹小區域。
腦干內緊密排列著許多重要結構如傳遞感覺或運動向上行或下行傳導束，
并含有第Ⅲ-Ⅶ對顱神經的神經核及其髓內纖維。
它亦含有多組神經元，
是腦內去甲腎上腺素、多巴胺、5-羥色胺的主要來源。
其他特殊神經核團如網狀結構、橄欖體和紅核亦位于腦干內。
腦干是一個復雜而排列有序的結構，
支配運動、感覺、呼吸、心血管功能以及參與睡眠覺醒機制。
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