一、卵巢過度刺激症候群（卵巢漲大、腹水、腹漲、腹痛、脫水、寡尿《小於500ml/日》）需治療， 若延誤會有心、肺、腎衰竭， 甚至血栓症危險， 發生率1～5％。
二、多胞胎妊娠， 發生率20％（易早產， 需減胎至雙胞胎）。
三、卵巢扭轉， 會有急性腹痛， 發生率小於1％， 嚴重者需手術。
四、未定論的合併症－卵巢癌。
卵巢癌似乎和一個女人一生排卵次數有關係， 但是進一步研究仍正努力澄清這關係。 美國不孕症生殖學會目前認為不孕症使用排卵藥物是合理的， 特別是考慮到懷孕及喂母乳確實會降低癌症機會， 懷孕一次排卵次數可減少約12次（480次變為468次）。
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五、施打排卵針劑的部位疼痛， 熱敷、按摩或多走路有所緩解的效果。
以上五點和施打排卵針劑有關。
另外常被問到的問題是：
一、試管嬰兒是否較易流產？──懷孕後流產率13％（與正常懷孕流產率相同）。
二、子宮外孕發生率較高？──子宮外孕發生率2％（正常懷孕子宮外孕率約為1％）。
三、胎兒畸形發生率較高？──胎兒畸形發生率1～3％（與正常懷孕相同）。
