女性非淋菌性尿道炎可與急性細菌性膀胱炎的症狀相似， 如排尿困難、尿頻、尿急等。 但是大多數感染者症狀輕微或無症狀。 60%~80%的尿道沙眼衣原體感染者同時合併子宮頸感染， 出現官頸炎、子宮內膜炎、盆腔炎；分泌物污染肛周可引起肛周炎、直腸炎。
(l)子宮頸炎：大多數婦女感染的入侵部位為子宮頸管。 70%~90%的婦女子宮頸沙眼衣原體感染無症狀， 可持續數月至數年。 有症狀發生時， 可出現陰☆禁☆道分泌物異常， 非月經期或性☆禁☆交後出血。 體檢大多數患者子宮頸外觀可為正常， 也可發現子宮頸接觸性出血， 子宮頸管黏液膿性分泌物，
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(2)盆腔炎：衣原體子宮頸感染如不治療， 至少20%可上行感染至上生殖道。 如行陰☆禁☆道沖洗則可增加上行感染的危險性。 在有症狀的PID中， 沙眼衣原體感染占lO%-60%。 有症狀的衣原體性輸卵管炎表現有下腹痛、性☆禁☆交痛等， 長期持續的感染可致輸卵管瘢痕形成、阻塞， 引起輸卵管性不育， 異位妊娠和慢性盆腔痛。
另外， 過去認為是由淋球菌感染造成的肝周圍炎（此病特點是右上腹急性疼痛， 類似於膽結石發作）， 現在研究認為沙眼衣原體也是引起該病的常見病原體。
