肺炎球菌廣泛存在于健康成人和兒童的鼻咽腔中。 雖然肺炎球菌在健康的情況下不會致病, 但一旦流感病毒侵入呼吸道後, 破壞感染者呼吸道的上皮細胞, 就有可能使肺炎球菌乘虛而入, 直接入侵中耳、鼻竇、氣管支氣管、肺部等, 引起黏膜性疾病, 還可能引起菌血症、膿毒症、腦膜炎、菌血症性肺炎以及膿胸、心內膜炎、心包炎、骨關節炎等侵襲性肺炎球菌疾病。
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肺炎鏈球菌主要通過飛沫傳播。 攜帶者可以通過咳嗽、打噴嚏、說話, 從口部或鼻部排出飛沫, 將病菌傳染給健康人。 因此, 感冒流行季節應避免帶幼兒到公共場所, 注意衛生, 勤洗手。 世界衛生組織及國內外兒科專家均認為, 及早給孩子進行預防接種兒童肺炎球菌結合疫苗, 能使其獲得抵抗肺炎球菌的免疫力, 是對抗兒童肺炎球菌疾病的最有效方法之一。