苦瓜營養價值極高, 含胡多種營養成分, 具有預防和治療腳氣病、維持正常功能、促進乳汁分泌和幸食欲等作用。 苦瓜所含的維生素c是菜瓜、絲瓜的10~20倍, 具有預防壞血病、保持細胞膜、解毒、防止動脈硬化、抗癌、提高機體應激能力、預防感冒、保護心臟等作用。 苦瓜中含有類似胰島素的物質多肽-p, 有降低務糖的作用。
中醫認為, 苦瓜具有清熱消暑、養血益氣、補腎健脾、滋陰明目之功效, 對治療痢疾、瘡腫、熱病煩渴、中暑發熱、痱子過多、眼結膜炎、小便短赤等病有一定的作用。 因苦瓜性寒, 幫脾胃虛寒者不宜多食。
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另外, 苦瓜內含有奎寧, 奎寧會刺激子宮收縮, 引起流產。 所以有人主張, 孕婦不宜吃苦瓜。 雖然奎寧在苦瓜中的含量很少, 孕婦適量吃點并無大礙, 但是, 為了慎重起見, 孕婦還是少吃苦瓜。