腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外，
還消耗體內儲存的營養物質，
損害某些機體組織。
這是因為在腹瀉過程中，
本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體，
但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。
如長期慢性腹瀉就會造成營養不良，
使患兒身體瘦弱，
抵抗力降低，
容易感染各種疾病。
這不僅影響嬰幼兒的正常生長發育，
還會引起併發症。
常見的併發症有：
營養不良及維生素缺乏症：腹瀉病程較長，
如禁食時間過久或長期熱量不足，
常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。
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感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。 各種感染可能成為腹瀉的病因， 但也有在腹瀉之後， 由於全身抵抗力降低而繼發感染。 遷延性腹瀉或原有營養不良病兒， 容易併發真菌感染， 如鵝口瘡、真菌性腸炎， 甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸， 常見於營養不良及重症敗血症病兒， 預後不良， 故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
其他：如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，
