患有某些遺傳代謝性疾病、如半乳糖血症的嬰兒是絕對不能吃母乳的。 半乳糖血症是一種先天性酶缺乏而引起的代謝性疾病, 由於缺乏酶, 人乳中的乳糖不能很好地代謝, 乳糖代謝不完全的產物是一些有毒的物質, 這些物質聚集在體內, 就會影響神經中樞的發育, 造成孩子智力低下、白內障等。 所以對新生兒餵奶時出現拒乳、嚴重嘔吐、肝臟腫大等表現時應當及時請兒科醫師診治。 孩子有白內障時, 要高度懷疑本病。 一旦懷疑是半乳糖血症, 就要停止餵奶類食品, 改用大豆製品餵養嬰兒。
另外還有兩種不能完全用母乳餵養的疾病,